Organe des WBV Panker-Giekau sind die Verbandsversammlung und der Vorstand. Die Verbandsversammlung ist die Versammlung aller Mitglieder. Für das Stimmenverhältnis ist die Größe der Gemeinde maßgebend. Die Mitglieder erhalten für jede angefangenen 300 Anschlüsse innerhalb eines Gemeindegebietes einen Stimmenanteil.
Zu den Aufgaben der Verbandsversammlung gehört die Wahl und Abberufung der Vorstandsmitglieder sowie deren Stellvertreter. Weiterhin ist sie zuständig für die Beschlußfassung über Satzungsänderungen, Festsetzung der Wirtschaftspläne etc.
Zu den Aufgaben des Vorstandes gehört u.a. die Aufstellung der Haushaltssatzung, der Wirtschaftspläne und deren Nachträge einschl. Stellenplan und der Jahresrechnung. Für die Geschäfte der laufenden Verwaltung ist ein hauptamtlich tätiger Geschäftsführer zuständig.